Prima biserică închinată Sfântului Spiridon de pe Calea Șerban Vodă a fost începută în anul 1766 la porunca domnitorului Scarlat Ghica (domnitor al Țării Românești între 1758-1761 și 1765-1766). Încă de la bun început biserica a primit un al doilea hram –  Sfântul Ierarh Visarion al Lárisei – la care locuitorii Țării Românești din acea vreme aveau mare evlavie. Acest sfânt era foarte popular întrucât era considerat „izbăvitor de ciumă”, moaștele lui fiind aduse de două ori, în septembrie 1730 și noiembrie 1738, de către domnitorii Nicolae și Constantin Mavrocordat, cu ocazia epidemiilor de ciumă din București. Scarlat Ghica nu a reușit să vadă biserica terminată, întrucât în data de 2 decembrie 1766 a trecut la cele veșnice, la tron urmându-i fiul său Alexandru I Scarlat Ghica (1766-1768), care s-a ocupat de ducerea la bun sfârșit a lucrărilor, fiind ajutat îndeaproape de Ianache (zis Ienăchiță) Văcărescu numit cămăraș (purtător de grijă) al bisericii.

Finalizarea construcției bisericii la 30 septembrie 1768 a fost încununată prin sfințirea ei de către mitropolitul Ungrovlahiei, Grigorie al II-lea. Anterior acestui moment, prin Testamentul celui de-al doilea ctitor al bisericii, Alexandru Ghica, semnat în data 5 iulie 1768, s-a acordat bisericii statutul de „mănăstire domnească de țară slobodă”, având conducere independentă și fiind înzestrată „cu acareturi, moșii și venituri”, sporite în anii următori prin daniile altor binefăcători. Tot din Testamentul lui Alexandru I Ghica reiese că acesta a întocmit o epitropie compusă din: Mitropolitul Ungrovlahiei, marele vistier (ministrul de finanțe) și marele postelnic (ministrul de externe), care să administreze averea bisericii. Calitatea de epitrop a fost însărcinată spătarului Dumitrache Ghica, fiind rudă de sânge și un apropiat al domnitorului. De aceea, edificiul nou ctitorit a fost numit de către bucureșteni și „Mănăstirea Banului Mare”, adică mănăstirea marelui boier (ban) Dumitrache Ghica. O altă denumire dată bisericii de oamenii vremii era „Biserica Ghiculeșcilor din lăturea Bucureștilor”, întrucât atât biserica construită de familia domnitoare, cât și mahalaua Sfântul Spiridon nu făceau parte din oraș la sfârșitul secolului al XVIII-lea. Potrivit lui Vasile Alexandrescu Urechea la începutul secolului al XIX-lea era socotită printre marile mănăstiri ale țării, iar Dionisie Fotino o numea în Istoria generală a Daciei „mare mănăstire domnească”.

La 34 de ani de la construirea ei, mănăstirea Sfântul Spiridon-Nou a fost grav avariată în urma cutremurului produs la 26 octombrie 1802. Seismul a avut o intensitate de 7,9 grade pe scara Richter și s-a simțit intens pe o arie geografică extrem de vastă (de la St. Petersburg până în Marea Egee). Numeroase biserici sau mănăstiri din București s-au dărâmat total sau parțial, de pildă, mănăstirea Cotroceni s-a dărâmat aproape complet. Celebră a fost și prăbușirea Turnului Colței, ridicat cu peste opt decenii înainte. Turnul s-a rupt de la mijloc, iar partea superioară a căzut pe caldarâm. Un alt moment critic pentru biserică a fost incendiul din 1823, atunci când a ars o bună parte din zona Podul Beilicului – Calea Șerban Vodă și împrejurimile ei, în total 419 case. Asemănător locuințelor din această zonă, și mănăstirea Sfântul Spiridon-Nou a fost grav afectată. La 23 ianuarie 1838 a avut loc din nou un cutremur major (7,5 grade pe scara Richter), care a afectat Bucureștiul și implicit biserica Sfântul Spiridon, însă cea mai grea încercare prin care a trecut biserica este incendiul din 23 martie 1847, din ziua de Paște. A fost cel mai mare incendiu consemnat în București vreodată. Focul a izbucnit de la casa cluceresei Drugăneasca și s-a întins cu repeziciune în toată partea de est a orașului. Vestea despre incendiu a făcut ocolul întregii Europe, determinând orașe și chiar națiuni să sară în ajutorul bucureștenilor. Incendiul n-a putut fi stins timp de câteva săptămâni din cauza vântului puternic. Oamenii vremii au catalogat această nenorocire ca fiind „sfâșietoarea priveliște a unor ruine care pătrund sufletul și umilesc inima cea mai împietrită”. În urma acestui eveniment nefericit, biserica mănăstirii Sfântul Spiridon-Nou a fost în mare parte ruinată.