În cadrul relațiilor frățești pe care Biserica Ortodoxă Română le are cu celelalte Biserici Ortodoxe surori s-a înscris și vizita oficială a Patriarhului Ecumenic, Bartolomeu I, care în perioada 15-21 octombrie 2004 a fost însoțit în România de o delegație alcătuită din mitropoliții Macarios de Sidirokastro, Evanghelos de New-Jersey, Ghenadios de Sasima și ierodiaconul Elpidoforos Lambriniadis, Secretar Adjunct al Sfântului Sinod (în prezent Arhiepiscopul grec al Americii). Duminică, 17 octombrie, Sanctitatea Sa Bartolomeu I și Prea Fericitul Părinte Teoctist s-au îndreptat către biserica Sfântul Spiridon-Nou, unde, înconjurați de un sobor de ierarhi greci și români, preoți și diaconi, au săvârșit Sfânta Liturghie. De față a fost și Majestatea Sa Regele Mihai I împreună cu familia regală. Ca mărturie a prețuirii Bisericii Ortodoxe Române pentru ceea ce a făcut pentru țară și poporul român, Patriarhul Teoctist a acordat Regelui Mihai I distincția Crucea Patriarhală. Prea Fericitul Părinte Patriarh Teoctist a rostit după citirea Sfintei Evanghelii un cuvânt de întâmpinare a Sanctității Sale Bartolomeu I, Patriarhul Ecumenic:
„Anul acesta este, deci, un an foarte scump, Sanctitatea Voastră și Majestatea Voastră, pentru Biserica și poporul român, popor creștin din nașterea sa în istorie, vrednic să aibă asemenea sfinți, asemenea coloane luminoase de viață, pilde vii de modul cum a rodit sămânța Semănătorului, cuvântul lui Dumnezeu, al Mântuitorului lisus Hristos pe pământul nostru românesc, din care au odrăslit sfinții români. Lor, deci, sfinților noștri români și îndeosebi Sfântului Voievod Ștefan cel Mare, le închinăm dumnezeiasca Liturghie de astăzi cu bucuria sfântă de a fi înconjurați de ierarhi ai Patriarhiei Ecumenice și ai Patriarhiei Române în această biserică martiră, Sfântul Spiridon-Nou, aflată la un pas de primejdia demolării în perioada tristelor decenii comuniste. Rugăciunile Sfântului Ierarh Spiridon, ale ctitorilor acestei biserici și ale credincioșilor ne-au ajutat ca astăzi să slujim împreună, Sanctitatea Voastră, spre marea bucurie a credincioșilor prezenți, având și bucuria participării Majestății Sale, Regele Mihai I, împreună cu regina Ana și familia, pentru binecuvântare”.
Sanctitatea Sa a mulțumit la încheiere pentru invitația făcută de către Prea Fericitul Părinte Patriarh Teoctist de a vizita România. A mulțumit Bunului Dumnezeu și L-a rugat ca să asculte rugăciunile care au fost înălțate împreună și să dăruiască în sufletele credincioșilor dragostea și pacea Sa cea dumnezeiescă. A salutat de asemenea și pe arhiereii prezenți dar și pe cei care, „din binecuvântate pricini nu s-a întâmplat să fie de față”, felicitându-i pentru luptele cele bune, pentru jertfele, pentru ostenelile pe care le duc neîncetat în numele Domnului Iisus Hristos pentru poporul binecredincios. La acest eveniment, parohul de atunci al bisericii, preotul Marius Cojocaru a primit din partea Patriarhului Bartolomeu ordinul Crucea Patriarhiei Ecumenice.Din partea statului a participat domnul Victor Opaschi, în calitate de Consilier prezidențial, precum și doamna Dora Grossomanidou, Ambasadorul Greciei în România.