Unul din cele mai importante evenimente care au avut loc în biserica Sfântul Spiridon-Nou a fost întronizarea Patriarhului Justinian Marina în data de 6 iunie 1948. De obicei, instalarea canonică a unui episcop, mitropolit sau patriarh are loc în Catedrala Chiriarhală. Ținând cont însă, că actuala Catedrala Patriarhală era mult prea mică pentru desfășurarea unui astfel eveniment, s-a hotărât ca înscăunarea viitorului Patriarh Justinian Marina să se facă în biserica Sfântul Spiridon-Nou, pe atunci cel mai mare locaș de cult din București. Conform programului întocmit de Sfântul Sinod, de la Patriarhie s-a plecat în procesiune către biserica de pe calea Șerban Vodă. După sosirea în biserică, a urmat îndată slujba pentru instalarea ca patriarh săvârșită de mitropoliții Nicolae Bălan al Ardealului, Vasile al Banatului și de arhiepiscopul Firmilian al Craiovei, în timp ce ceilalți episcopi asistau la slujbă de pe solee. Citirea gramatei sinodale s-a făcut de către preotul Gheorghe Vintilescu, directorul Cancelariei Sfântului Sinod și preotul paroh de atunci al bisericii Sfântul Spiridon-Nou . La eveniment au participat numeroși delegați ai Bisericilor Ortodoxe surori, printre care mitropoliții Nicolae al Krutiței (Biserica Ortodoxă Rusă) și Chiril de Plovdiv (viitorul patriarh al Bisericii Ortodoxe Bulgare), care a și rostit o cuvântare în limba română, întrucât făcuse studii în țara noastră . Din partea Statului au participat prim-ministrul Dr. Petru Groza, Stanciu Stoian, ministrul Cultelor, membrii Marii Adunări Naționale în frunte cu președintele ei, Constantin I. Parhon, precum și alte personalități din Corpul Diplomatic. La sfârșitul slujbei s-a săvârșit un polihroniu pentru noul patriarh, membrii Sfântului Sinod și pentru conducerea Țării .